@MSGID: <u1WdnclCK8tkzGr5nZ2dnZfqlJ9j4p2d@giganews.com>
9880ae3f
@REPLY:
<ef61d797-3060-4716-b737-4f11738fe4b9n@googlegroups.com> 9f64fcfa
@REPLYADDR John Harshman
<john.harshman@gmail.com>
@REPLYTO 2:5075/128 John Harshman
@CHRS: CP866 2
@RFC: 1 0
@RFC-References:
<HN2cnS-GqKT1s1b5nZ2dnZfqlJ9j4p2d@giganews.com> <NbidndE6vIpWu1D5nZ2dnZfqlJxh4p2d@giganews.com>
<ee6a86bc-2be1-41d0-bca4-0d000ec4abefn@googlegroups.com> <5d92264a-e6fc-495a-867f-da76b3a1b4b1n@googlegroups.com>
<7bd545a4-e9c4-4640-8ffb-457e7ffb5f97n@googlegroups.com> <YIqdnXPj8uVda3n5nZ2dnZfqlJ9j4p2d@giganews.com>
<49f60a85-9f69-4ed5-9f11-ebbbfc72e354n@googlegroups.com> <Y-idneLSc_Purmv5nZ2dnZfqlJ9j4p2d@giganews.com>
<16943ab4-5ee8-41e6-8d65-0373e875fedan@googlegroups.com> <19mcnV5Yo8OjFGv5nZ2dnZfqlJ9j4p2d@giganews.com>
<ef61d797-3060-4716-b737-4f11738fe4b9n@googlegroups.com>
@RFC-Message-ID:
<u1WdnclCK8tkzGr5nZ2dnZfqlJ9j4p2d@giganews.com>
@TZUTC: -0700
@PID: Mozilla/5.0 (Macintosh; Intel Mac OS X
10.15; rv:102.0) Gecko/20100101 Thunderbird/102.15.0
@TID: FIDOGATE-5.12-ge4e8b94
On 9/5/23 7:56 AM, Peter Nyikos wrote:
> On Monday, September 4, 2023 at 9:49:58 PM UTC-4, John Harshman wrote:
>> On 9/4/23 6:25 PM, Peter Nyikos wrote:
>>> On Monday, September 4, 2023 at 3:43:56 PM UTC-4, John Harshman
>>> wrote:
>>>> On 9/4/23 6:36 AM, Peter Nyikos wrote:
>>>>> On Tuesday, August 22, 2023 at 1:58:29 PM UTC-4, John Harshman
>>>>> wrote:
>>>>>> On 8/22/23 9:54 AM, Peter Nyikos wrote:
>>>>>>> The new material here is about the smallest basilosaurid
>>>>>>> known, in
>> tremendous
>>>>>>> contrast from the topic up to now.
>>>
>>> 
>>>
>>>>>>> https://www.nature.com/articles/s42003-023-04986-w Title: "A
>>>>>>> diminutive new basilosaurid whale reveals the trajectory
>> of the cetacean life histories during the Eocene"
> 
>>>>>>> Scrolling way down, you see: "Fig. 3: Phylogenetic position
>>>>>>> of Tutcetus rayanensis (MUVP 501,
>> holotype)."
>>>>>>>
>>>>>>> It shows 40 genera, divided into two largely terrestrial
>>>>>>> ones (Pakicetus and Ambulocetus),
>>>>>>> five in the transitional Remingtonocetidae, including the
>>>>>>> first non-Indian, African genus;
>>>>>>> 16 in the Protocetidae including the well-known Rodhocetus,
>>>>>>> one genus from South America, and four from North America,
>>>>>>> 14 from Basilosauridae, which is truly world-wide, with the
>>>>>>> well-known Zyghoriza found in Europe,  North America, and Australasia.
>>>>>>> Here is where Tutcetus rayanensis  is well nested.
>>>>>>> Also 8 from Neoceti.
> 
> 
> 
> 
>>>>>> only Basilosauridae and  Protocetidae are shown as paraphyletic.
>>>>>> That too is obvious from the figure.
>>>>>
>>>>> You are right about that, but you may have jumped from the frying
>>>>> pan into the fire. Fig. 3 makes Cetacea look polyphyletic!
>>>>>
>>>>> Look at the node representing the LCA of Pakicetus and
>>>>> Ambulocetus. The branches to the other cetaceans do NOT emanate
>>>>> from it, but from the next node further down.
>>>
>>>> How does that make Cetacea polyphyletic? I`m not getting your point  here.
>>>
>>> See below.
>>>
 >>>>> I can`t help wondering what the tree would have looked like
if *Indohyus* had been included.
 >>>>> It might have turned Cetacea into a clade, but then the
following would be needing
>>>>> a drastic overhaul.
>>>>>
 >>>>> "Indohyus is an extinct genus of digitigrade even-toed
ungulates known from Eocene fossils in Asia. This small chevrotain-like animal
found in the Himalayas is one of the earliest known non-cetacean ancestors
of whales.[1]
>>>>> https://en.wikipedia.org/wiki/Indohyus
>>>
>>>> I`m not sure what you`re trying to say there either. First, of
>>>> courses, "ancestors" is misused here, as we can`t tell whether
>>>> Indohyus is ancestral to anything.
>>>
>>> It is being hypothesized as such, but IIRC reference [1] does not do
>>> that.
> 
> And, of course, the dominant attitude in "modern" systematics is,
> 
> "Sister group hypotheses good, ancestor-descendant hypotheses bad!"
> 
> This makes about as much sense as "Four legs good, two legs bad!"
> in George Orwell`s _Animal_Farm_.

Please stop replying to yourself, and please stop replying to anything 
else that`s several layers old. It makes the resulting posts harder to 
read, and to no purpose.

Also, when you complain about something, you need to include some 
argument. We could talk about what makes sense, but you would first have 
to clarify your reasons.

>>>> And "earliest known" is a problem, since the non-cetacean ancestors
>>>> of whales go back to the origin of life. What I think it meant to
>>>> say is that Indohyus is the known non-cetacean most closely related
>>>> to Cetacea, i.e. the closest outgroup. Thus it would fall on a
>>>> branch in between hippos and the base of Cetacea.
>>>>
>>>> Still, Cetacea is a clade in Fig. 3, with or without Indohyus.
>>>
>>> Sorry, you can`t make a valid taxon out of something where the data is
 >>> missing from some key nodes at the bottom. The LCA of the two
strictly data-defined
 >>> LCA`s (that of Pakicetus and Ambulocetus, and that of all the
other genera)
> 
 > It`s worse than I wrote above, through not defining what I meant
by "strictly data-defined LCA".
 > What I had in mind is "each node has at least one genus
directly emanating from it,
> with no intermediate nodes [1]". I just wasn`t careful enough in applying it.
> 
 > So, "all the other genera" have an LCA of two strictly defined
LCA`s, [2] one of Remingtonocetidae
 > (which has the genus Dalanistes directly emanating from it), the
other of Eocetidae, which
> has the genus Maiacetus directly emanating from it.
> 
 > [1] Of course, if the tree had species instead of genera at the
branch tips, then "strictly" would apply
> to directly emanating species.
> 
 > [2] I call strictly defined LCA`s "first-order LCA`s", and a
"second-order LCA"
> is a non-first-order LCA of two first-order LCA`s. Thus "all other genera"
> have a second-order LCA.
> 
> The LCA of Cetacea is not even a second-order LCA, but it is third-order
> because each LCA to which it directly connects is either first-order
> [as in the case of {Pakicetus, Ambulocetus}] or second-order.

You understand that all this ordering is purely an artifact of the 
terminal taxa included on the tree, right? I could change the order of 
every node ancestral to it by adding a single species to the tree. 
According to your idea, adding more taxa would make internal nodes less 
"data-defined". More data = worse?

Fortunately, your notiond of "strictly defined" has no real 
significance. If you knew how character states at internal nodes were 
actually estimated, you wouldn`t make these mistakes.

> This third-order LCA could be as non-cetacean as *Indohyus* for all you know.
> But that is what is needed to make Cetacea a clade.

What is what is needed? It seems that by your criteria we could never 
know if any group of more than two genera (or perhaps species) was a 
clade, since the node would not be "first-order". Not only would we not 
know, we could apparently have no idea.

>> I`m not understanding your point here. There`s some assumption you`re
>> making that I don`t see. I can`t tell what you mean by "strictly
>> data-defined", or how that node differs from any other.
> 
> I hope the above explanation is clear enough for you to admit
> to being able to follow it.

Yes, thanks. But it`s just wrong and leads to bizarre contradictions, as 
I showed above.

> If the whole concept of "nth order LCA" is foreign to you,
> then the reigning systematists are ignoring important distinctions.
> The higher the order of an LCA, the less secure the information you have about
 > the characters of the  "hypothetical"  animal that
it represents.

You have given no reason to believe that these distinctions are 
important or even at all meaningful. A little thought should show you 
that by your reasoning, adding data (in the form of additional species) 
to the tree actually makes the LCA "less secure", and that would be a 
curious result.

>>> If you want a long-acknowledged example of this kind of problem,
>>> look at what is said
>>> in Romer`s _Vertebrate Paleontology_ about the phylogeny of the
> 
>>> garfish and the bowfin (in Semionotoidea and Amoidea, respectively).
>>>
>>> These are "holostean" fish, but the evolutionary tree in fig. 60
>>> shows how Holostei is polyphyletic. In the 1945 edition, it is on p. 76,
>>> and its caption is: "Development of the groups of bony fishes and
>>> amphibians." The polyphyly is explained on page 94 in the section
>>> "Subholosteans" and explicitly mentioned
>>> earlier, p. 87, in the section "Ray-finned fishes," where we read:
> 
>> The tree shows no such thing. It`s ambiguous because there`s an apparent
>> polytomy at the base of Holostei.
> 
> You are looking too far up. The polyphyletic nature of Holostei
> is shown further down, where  Semionotoidea and the paraphyletic
> Subholostei emanate from two different places in Palaeonscoidea.
> Subholostei in turn gives rise to Amoidea and all the other "holostean"
> superfamilies.

No, I`m looking at where the two dotted lines representing the two 
branches of Holostei emerge from the blob that is Palaeonisciformes. 
They emerge from the same point. That`s a polytomy. But perhaps Romer 
changed the figure in the ensuing 20 years. I see no "Subholostei" and 
no "Palaeonisoidea". The number has changed, at least. I`m looking at 
Fig. 67, but the title is the same.

> VCould be polyphyletic, could be
>> paraphyletic. At any rate, it`s nothing like what the cetacean tree
>> shows, which is clear monophyly.
> 
> With a possibly non-cetacean LCA!! see above.

You see above. This non-cetacean LCA is fantasy. And in fact the same 
reasoning could apply to any internal node. Perhaps all internal nodes 
are non-cetacean and this tree is the result of massive convergence. 
There`s really no way to tell unless, of course, we are willing to 
believe that the tree is not based on bad data. But "first-order" nodes 
are no better in that respect than "second-order", etc., nodes.

>> Of course that depends on your definition of Cetacea, whether
>> node-based, branch-based, or character-based, and on what other taxa you
>> put on the tree, and just where they turn up. But based on the figure,
>> there`s no reason to doubt monophyly and there`s nothing different
>> between the two nodes you mention.
> 
> Again, you systematists don`t pay enough attention to distinctions,
> just as paleontologists of the first half of the 20th century
> showed sauropods snorkeling at the ends of their long necks
> while ignoring increased pressure at the depth of their lungs,
> making breathing impossible.
> 
> Too much stamp collecting and not enough mathematics/physics,
> as the old saying about "all science" goes. Mathematicians
> are used to making distinctions, y`all are wedded to distinctions
> born of Hennig.

Do you realize the arrogance of a mathematician appealing to personal 
authority to explain how systematists are doing everything wrong, while 
in near-complete ignorance of what they`re actually doing? If you want 
to learn how trees are built and ancestral character states are 
estimated, I could recommend a couple of sources. But it seems clear 
that you currently know little. What would you think if I told you that 
you were doing topology all wrong? Try to see another`s point of view 
and see yourself from that point of view. It`s not pretty.

 --- Mozilla/5.0 (Macintosh; Intel Mac OS X 10.15; rv:102.0)
Gecko/20100101 Thunderbird/102.15.0
 * Origin: usenet.network (2:5075/128)
SEEN-BY: 5001/100 5005/49 5015/255 5019/40 5020/715
848 1042 4441 12000
SEEN-BY: 5030/49 1081 5058/104 5075/128
@PATH: 5075/128 5020/1042 4441