@MSGID: <19mcnV5Yo8OjFGv5nZ2dnZfqlJ9j4p2d@giganews.com>
a2cf9b02
@REPLY:
<16943ab4-5ee8-41e6-8d65-0373e875fedan@googlegroups.com> 7bf091df
@REPLYADDR John Harshman
<john.harshman@gmail.com>
@REPLYTO 2:5075/128 John Harshman
@CHRS: CP866 2
@RFC: 1 0
@RFC-References:
<HN2cnS-GqKT1s1b5nZ2dnZfqlJ9j4p2d@giganews.com> <NbidndE6vIpWu1D5nZ2dnZfqlJxh4p2d@giganews.com>
<ee6a86bc-2be1-41d0-bca4-0d000ec4abefn@googlegroups.com> <5d92264a-e6fc-495a-867f-da76b3a1b4b1n@googlegroups.com>
<7bd545a4-e9c4-4640-8ffb-457e7ffb5f97n@googlegroups.com> <YIqdnXPj8uVda3n5nZ2dnZfqlJ9j4p2d@giganews.com>
<49f60a85-9f69-4ed5-9f11-ebbbfc72e354n@googlegroups.com> <Y-idneLSc_Purmv5nZ2dnZfqlJ9j4p2d@giganews.com>
<16943ab4-5ee8-41e6-8d65-0373e875fedan@googlegroups.com>
@RFC-Message-ID:
<19mcnV5Yo8OjFGv5nZ2dnZfqlJ9j4p2d@giganews.com>
@TZUTC: -0700
@PID: Mozilla/5.0 (Macintosh; Intel Mac OS X
10.15; rv:102.0) Gecko/20100101 Thunderbird/102.15.0
@TID: FIDOGATE-5.12-ge4e8b94
On 9/4/23 6:25 PM, Peter Nyikos wrote:
> On Monday, September 4, 2023 at 3:43:56 PM UTC-4, John Harshman
> wrote:
>> On 9/4/23 6:36 AM, Peter Nyikos wrote:
>>> On Tuesday, August 22, 2023 at 1:58:29 PM UTC-4, John Harshman
>>> wrote:
>>>> On 8/22/23 9:54 AM, Peter Nyikos wrote:
>>>>> The new material here is about the smallest basilosaurid
>>>>> known, in
tremendous
>>>>> contrast from the topic up to now.
> 
> 
> 
>>>>> https://www.nature.com/articles/s42003-023-04986-w Title: "A
>>>>> diminutive new basilosaurid whale reveals the trajectory
of the cetacean life histories during the Eocene"
>>>>> 
>>>>> From the abstract: "Here we report a new basilosaurid genus
>>>>> and species, Tutcetus
rayanensis, from the middle Eocene of Fayum, Egypt. This new whale is
not only the smallest known basilosaurid, but it is also one of the
oldest records of this family from Africa. Tutcetus allows us to further
test hypotheses regarding basilosaurids` early success in the aquatic
ecosystem, which lasted into the latest Eocene, and their ability to
outcompete amphibious stem whales and opportunistically adapt to new
niches after they completely severed their ties to the land. Tutcetus
also significantly expands the size range of the basilosaurids and
reveals new details about their life histories, phylogeny, and
paleobiogeography."
>>> 
>>> 
>>> 
>>> 
>>>>> The Nature article says:
>>>>> 
>>>>> "The new whale is the smallest basilosaurid known to date and
>>>>> is
estimated to have been around 2.5 m in length and about 187 kg in body
mass."
>>>>> 
>>>>> Fig. 1 has two remarkably clear pictures, which can be
>>>>> enlarged to
show exquisite detail. Caption:
>>>>> "Photograph (a) and corresponding explanatory line drawing
>>>>> (b) of
the block containing the holotype specimen of T. rayanensis (MUVP 501)."
>>>>> 
>>>>> Fig. 2 shows even more detail of the molars [and premolars in
>>>>> (c)]: "Close-up of the posterior lower teeth in the left (b)
>>>>> and right
(c) dentaries of Tutcetus rayanensis (MUVP 501, holotype).
>>>>> 
>>>>> Unlike in humans, the premolars are far bigger than the
>>>>> molars.
>>>>> 
>>>>> Scrolling way down, you see: "Fig. 3: Phylogenetic position
>>>>> of Tutcetus rayanensis (MUVP 501,
holotype)."
>>>>> 
>>>>> It shows 40 genera, divided into two largely terrestrial
>>>>> ones
(Pakicetus and Ambulocetus),
>>>>> five in the transitional Remingtonocetidae, including the
>>>>> first
non-Indian, African genus;
>>>>> 16 in the Protocetidae including the well-known Rodhocetus,
>>>>> one
genus from South America, and four from North America,
>>>>> 14 from Basilosauridae, which is truly world-wide, with the
well-known Zyghoriza found in Europe,
>>>>> North America, and Australasia. Here is where Tutcetus
>>>>> rayanensis
is well nested.
>>>>> Also 8 from Neoceti.
>>>>> 
>>>>> Patriotic note: one of the protocetids is Carolinacetus,
>>>>> found in
Berkeley County, South Carolina.
>>>>> The silhouette for it in Fig. 3 shows flippers [1] as
>>>>> advanced as
in basilosaurids, except for the
>>>>> hind ones being about twice as large, proportionately. More
>>>>> about
it here:
>>>>> 
>>>>> https://en.wikipedia.org/wiki/Carolinacetus
>>>>> 
>>>>> [1] purely conjectural: the list of known bones in the Wiki
article does not include any from any of the extremities.
>>>>> 
>>>>> 
>>>>> Fig. 3 goes out of its way to obscure the (obvious to me)
>>>>> fact
that all the above groups except
>>>>> the last (and possibly the two-member first) are
>>>>> paraphyletic.
>>> 
>>>> Not sure how you think it`s trying to obscure that. It`s
>>>> obvious from the figure. But only Basilosauridae and
>>>> Protocetidae are shown as paraphyletic. That too is obvious
>>>> from the figure.
>>> 
>>> You are right about that, but you may have jumped from the frying
>>> pan into the fire. Fig. 3 makes Cetacea look polyphyletic!
>>> 
>>> Look at the node representing the LCA of Pakicetus and
>>> Ambulocetus. The branches to the other cetaceans do NOT emanate
>>> from it, but from the next node further down.
> 
>> How does that make Cetacea polyphyletic? I`m not getting your point
>> here.
> 
> See below.
> 
>>> I can`t help wondering what the tree would have looked like if
*Indohyus* had been included.
>>> It might have turned Cetacea into a clade, but then the
>>> following
would be needing
>>> a drastic overhaul.
>>> 
>>> "Indohyus is an extinct genus of digitigrade even-toed ungulates
known from Eocene fossils in Asia. This small chevrotain-like animal
found in the Himalayas is one of the earliest known non-cetacean
ancestors of whales.[1]
>>> https://en.wikipedia.org/wiki/Indohyus
> 
>> I`m not sure what you`re trying to say there either. First, of
>> courses, "ancestors" is misused here, as we can`t tell whether
>> Indohyus is ancestral to anything.
> 
> It is being hypothesized as such, but IIRC reference [1] does not do
> that.
> 
> 
>> And "earliest known" is a problem, since the non-cetacean ancestors
>> of whales go back to the origin of life. What I think it meant to
>> say is that Indohyus is the known non-cetacean most closely related
>> to Cetacea, i.e. the closest outgroup. Thus it would fall on a
>> branch in between hippos and the base of Cetacea.
>> 
>> Still, Cetacea is a clade in Fig. 3, with or without Indohyus.
> 
> Sorry, you can`t make a valid taxon out of something where the data
> is
missing from some
> key nodes at the bottom. The LCA of the two strictly data-defined
LCA`s (that of Pakicetus
> and Ambulocetus, and that of all the other genera) could be as
non-cetacean
> as *Indohyus* for all you know. But that LCA of LCA`s is what is
needed to make a clade out of Cetacea.
I`m not understanding your point here. There`s some assumption you`re
making that I don`t see. I can`t tell what you mean by "strictly
data-defined", or how that node differs from any other.

> If you want a long-acknowledged example of this kind of problem,
> look
at what is said
> in Romer`s _Vertebrate Paleontology_ about the phylogeny of the
garfish and the bowfin
> (in Semionotoidea and Amoidea, respectively).
> 
> These are "holostean" fish, but the evolutionary tree in fig. 60 
> shows how Holostei is polyphyletic. In the 1945 edition, it is on p.
76, and
> its caption is: "Development of the groups of bony fishes and
> amphibians." The polyphyly is explained on page 94 in the section
> "Subholosteans"
and explicitly mentioned
> earlier, p. 87, in the section "Ray-finned fishes," where we read:
The tree shows no such thing. It`s ambiguous because there`s an apparent
polytomy at the base of Holostei. Could be polyphyletic, could be
paraphyletic. At any rate, it`s nothing like what the cetacean tree
shows, which is clear monophyly.

Of course that depends on your definition of Cetacea, whether
node-based, branch-based, or character-based, and on what other taxa you
put on the tree, and just where they turn up. But based on the figure,
there`s no reason to doubt monophyly and there`s nothing different
between the two nodes you mention.

> "the holostean level of organization was surely attained by more 
> thanone group of primitive forms, and the teleosts may be similarly
polyphyletic."

Yes, Romer was really into polyphyly. He thought mammals were too. He
was wrong about both. If I recall, holosteans are paraphyletic, not
polyphyletic. But I don`t see the relevance here. Still not getting what
you`re trying to say.

>>> [1] is here, courtesy of the Wayback machine:
>>> 
https://web.archive.org/web/20170504142727/https://www.ias.ac.in/article/fulltex
t/jbsc/034/05/0673-0686
>>> 
>>> Unsurprisingly, Thewissen is one of the co-authors.
>>> 
>>> 
>>>> And it`s mentioned in the article, for example "Within the
>>>> Pelagiceti clade, the BTD analysis recovered Basilosauridae as
>>>> paraphyletic, with Eocetus as the sister taxon of all other
>>>> sampled members of Pelagiceti. The lineage that gave rise to
>>>> Eocetus is estimated to have split off from all other members
>>>> of Pelagiceti around 45 Ma, or around the start of the middle
>>>> Eocene (i.e., during the middle Lutetian substage). All other
>>>> basilosaurids (aside from Eocetus) and neocetes are included in
>>>> a moderately-supported (PP = 0.67) clade that arises from the
>>>> next-most crownward divergence from the cetacean stem lineage.
>>>> "
>>> 
>>> The article does not mention *Indohyus*. It roots the tree with
>>> the help of a pig and a hippo.
> 
>> True enough.
> 
> By the way, why do you think they used two taxa for the rooting? I
> don`t recall coming across any trees that used more than one before.
Don`t know why they used those two taxa, but the hippo is obvious, and I
supposed they wanted another artiodactyl. Trees with multiple outgroups
are not at all rare, though. It`s considered good form to break up long
branches whenever possible.

 --- Mozilla/5.0 (Macintosh; Intel Mac OS X 10.15; rv:102.0)
Gecko/20100101 Thunderbird/102.15.0
 * Origin: usenet.network (2:5075/128)
SEEN-BY: 5001/100 5005/49 5015/255 5019/40 5020/715
848 1042 4441 12000
SEEN-BY: 5030/49 1081 5058/104 5075/128
@PATH: 5075/128 5020/1042 4441