@MSGID:
<16943ab4-5ee8-41e6-8d65-0373e875fedan@googlegroups.com> 7bf091df
@REPLY: <Y-idneLSc_Purmv5nZ2dnZfqlJ9j4p2d@giganews.com>
1efcf5f5
@REPLYADDR Peter Nyikos <peter2nyikos@gmail.com>
@REPLYTO 2:5075/128 Peter Nyikos
@CHRS: CP866 2
@RFC: 1 0
@RFC-References:
<HN2cnS-GqKT1s1b5nZ2dnZfqlJ9j4p2d@giganews.com> <NbidndE6vIpWu1D5nZ2dnZfqlJxh4p2d@giganews.com>
<ee6a86bc-2be1-41d0-bca4-0d000ec4abefn@googlegroups.com> <5d92264a-e6fc-495a-867f-da76b3a1b4b1n@googlegroups.com>
<7bd545a4-e9c4-4640-8ffb-457e7ffb5f97n@googlegroups.com> <YIqdnXPj8uVda3n5nZ2dnZfqlJ9j4p2d@giganews.com>
<49f60a85-9f69-4ed5-9f11-ebbbfc72e354n@googlegroups.com> <Y-idneLSc_Purmv5nZ2dnZfqlJ9j4p2d@giganews.com>
@RFC-Message-ID:
<16943ab4-5ee8-41e6-8d65-0373e875fedan@googlegroups.com>
@TZUTC: -0700
@PID: G2/1.0
@TID: FIDOGATE-5.12-ge4e8b94
On Monday, September 4, 2023 at 3:43:56 PM UTC-4, John Harshman wrote:
> On 9/4/23 6:36 AM, Peter Nyikos wrote: 
> > On Tuesday, August 22, 2023 at 1:58:29 PM UTC-4, John Harshman wrote: 
> >> On 8/22/23 9:54 AM, Peter Nyikos wrote: 
 > >>> The new material here is about the smallest basilosaurid
known, in tremendous 
> >>> contrast from the topic up to now. 



> >>> https://www.nature.com/articles/s42003-023-04986-w 
 > >>> Title: "A diminutive new basilosaurid whale reveals the
trajectory of the cetacean life histories during the Eocene" 
> >>> 
> >>> From the abstract: 
 > >>> "Here we report a new basilosaurid genus and species,
Tutcetus rayanensis, from the middle Eocene of Fayum, Egypt. This new whale
is not only the smallest known basilosaurid, but it is also one of
the oldest records of this family from Africa. Tutcetus allows us to
further test hypotheses regarding basilosaurids` early success in the aquatic
ecosystem, which lasted into the latest Eocene, and their ability to outcompete
amphibious stem whales and opportunistically adapt to new niches after they
completely severed their ties to the land. Tutcetus also significantly expands
the size range of the basilosaurids and reveals new details about their
life histories, phylogeny, and paleobiogeography." 
> > 
> > 
> >  
> > 
> >>> The Nature article says: 
> >>> 
 > >>> "The new whale is the smallest basilosaurid known to date
and is estimated to have been around 2.5 m in length and about 187 kg
in body mass." 
> >>> 
 > >>> Fig. 1 has two remarkably clear pictures, which can be
enlarged to show exquisite detail. Caption: 
 > >>> "Photograph (a) and corresponding explanatory line drawing (b)
of the block containing the holotype specimen of T. rayanensis (MUVP
501)." 
> >>> 
> >>> Fig. 2 shows even more detail of the molars [and premolars in (c)]: 
 > >>> "Close-up of the posterior lower teeth in the left (b) and
right (c) dentaries of Tutcetus rayanensis (MUVP 501, holotype). 
> >>> 
> >>> Unlike in humans, the premolars are far bigger than the molars. 
> >>> 
> >>> Scrolling way down, you see: 
 > >>> "Fig. 3: Phylogenetic position of Tutcetus rayanensis (MUVP
501, holotype)." 
> >>> 
 > >>> It shows 40 genera, divided into two largely terrestrial ones
(Pakicetus and Ambulocetus), 
 > >>> five in the transitional Remingtonocetidae, including the first
non-Indian, African genus; 
 > >>> 16 in the Protocetidae including the well-known Rodhocetus,
one genus from South America, and four from North America, 
 > >>> 14 from Basilosauridae, which is truly world-wide, with the
well-known Zyghoriza found in Europe, 
 > >>> North America, and Australasia. Here is where Tutcetus
rayanensis is well nested. 
> >>> Also 8 from Neoceti. 
> >>> 
 > >>> Patriotic note: one of the protocetids is Carolinacetus, found
in Berkeley County, South Carolina. 
 > >>> The silhouette for it in Fig. 3 shows flippers [1] as
advanced as in basilosaurids, except for the 
 > >>> hind ones being about twice as large, proportionately. More
about it here: 
> >>> 
> >>> https://en.wikipedia.org/wiki/Carolinacetus 
> >>> 
 > >>> [1] purely conjectural: the list of known bones in the Wiki
article does not include any from any of the extremities. 
> >>> 
> >>> 
 > >>> Fig. 3 goes out of its way to obscure the (obvious to me)
fact that all the above groups except 
> >>> the last (and possibly the two-member first) are paraphyletic. 
> > 
> >> Not sure how you think it`s trying to obscure that. It`s obvious from 
> >> the figure. But only Basilosauridae and Protocetidae are shown as 
> >> paraphyletic. That too is obvious from the figure. 
> > 
> > You are right about that, but you may have jumped from the frying pan 
> > into the fire. Fig. 3 makes Cetacea look polyphyletic! 
> > 
> > Look at the node representing the LCA of Pakicetus and Ambulocetus. 
> > The branches to the other cetaceans do NOT emanate from it, 
> > but from the next node further down.

> How does that make Cetacea polyphyletic? I`m not getting your point here.

See below.

 > > I can`t help wondering what the tree would have looked like
if *Indohyus* had been included. 
 > > It might have turned Cetacea into a clade, but then the
following would be needing 
> > a drastic overhaul. 
> > 
 > > "Indohyus is an extinct genus of digitigrade even-toed ungulates
known from Eocene fossils in Asia. This small chevrotain-like animal found
in the Himalayas is one of the earliest known non-cetacean ancestors of
whales.[1] 
> > https://en.wikipedia.org/wiki/Indohyus

> I`m not sure what you`re trying to say there either. First, of courses, 
> "ancestors" is misused here, as we can`t tell whether Indohyus is 
> ancestral to anything. 

It is being hypothesized as such, but IIRC reference [1] does not do that.


> And "earliest known" is a problem, since the 
> non-cetacean ancestors of whales go back to the origin of life. What I 
> think it meant to say is that Indohyus is the known non-cetacean most 
> closely related to Cetacea, i.e. the closest outgroup. Thus it would 
> fall on a branch in between hippos and the base of Cetacea. 
> 
> Still, Cetacea is a clade in Fig. 3, with or without Indohyus.

 Sorry, you can`t make a valid taxon out of something where the
data is missing from some
 key nodes at the bottom. The LCA of the two strictly data-defined
LCA`s (that of Pakicetus
and Ambulocetus, and that of all the other genera) could be as non-cetacean
 as *Indohyus* for all you know. But that LCA of LCA`s is what is
needed to make a clade out of Cetacea.

 If you want a long-acknowledged example of this kind of problem,
look at what is said
 in Romer`s Vertebrate Paleontology about the phylogeny of the garfish
and the bowfin 
(in Semionotoidea and Amoidea, respectively).

These are "holostean" fish, but the evolutionary tree in fig. 60
shows how Holostei is polyphyletic. In the 1945 edition, it is on p. 76, and
its caption is: "Development of the groups of bony fishes and amphibians." 
 The polyphyly is explained on page 94 in the section "Subholosteans"
and explicitly mentioned
earlier, p. 87, in the section "Ray-finned fishes," where we read:

 "the holostean level of organization was surely attained by more
than one group of primitive forms, and the teleosts may be similarly
polyphyletic."


> > [1] is here, courtesy of the Wayback machine: 
https://web.archive.org/web/20170504142727/https://www.ias.ac.in/article/fulltex
t/jbsc/034/05/0673-0686 
> > 
> > Unsurprisingly, Thewissen is one of the co-authors. 
> > 
> > 
> >> And it`s mentioned in the article, for example "Within the Pelagiceti 
> >> clade, the BTD analysis recovered Basilosauridae as paraphyletic, with 
> >> Eocetus as the sister taxon of all other sampled members of Pelagiceti. 
> >> The lineage that gave rise to Eocetus is estimated to have split off 
> >> from all other members of Pelagiceti around 45 Ma, or around the start 
> >> of the middle Eocene (i.e., during the middle Lutetian substage). All 
> >> other basilosaurids (aside from Eocetus) and neocetes are included in a 
> >> moderately-supported (PP = 0.67) clade that arises from the next-most 
> >> crownward divergence from the cetacean stem lineage. " 
> > 
> > The article does not mention *Indohyus*. It roots the tree with the help 
> > of a pig and a hippo.

> True enough.

By the way, why do you think they used two taxa for the rooting?
I don`t recall coming across any trees that used more than one before.


Peter Nyikos
Professor, Dept. of Mathematics   -- standard disclaimer--
Univ. of South Carolina at Columbia
http://people.math.sc.edu/nyikos
--- G2/1.0
 * Origin: usenet.network (2:5075/128)
SEEN-BY: 5001/100 5005/49 5015/255 5019/40 5020/715
848 1042 4441 12000
SEEN-BY: 5030/49 1081 5058/104 5075/128
@PATH: 5075/128 5020/1042 4441