@MSGID:
<82f9de1b-8d05-4c64-9450-a7a57d2077e1n@googlegroups.com> b261aed3
@REPLY: GHI6.2532@fx17.iad>
a27afc7f
@REPLYADDR Lawyer Daggett
<j.nobel.daggett@gmail.com>
@REPLYTO 2:5075/128 Lawyer Daggett
@CHRS: CP866 2
@RFC: 1 0
@RFC-Message-ID:
<82f9de1b-8d05-4c64-9450-a7a57d2077e1n@googlegroups.com>
@RFC-References:
<d833a861-0b64-4fab-af2e-6da28fffcff3n@googlegroups.com> <b4627089-bb56-45f9-b636-52052b62b608n@googlegroups.com>
<1A4KM.659851$xMqa.3202@fx12.iad> <02996540-b70a-4e27-a1c8-33263ea73c3cn@googlegroups.com>
8_8a.30848@fx48.iad> 1@dont-email.me> EIy4.7331@fx48.iad>
<tpbsgihe6m0rde9r9hg5lal8flm94dmfdv@4ax.com> q0k.14239@fx34.iad> <hbvugi94er6cbadfhd1mpgftqhne4621ee@4ax.com>
<%E1QM.8838$Lmc1.4745@fx44.iad> <iva1hid9gjbgl52hs2rpduecu1lagt6s3g@4ax.com>
bmw6.1602@fx10.iad> 1@dont-email.me>
<2420112d-33af-accf-6b4e-b1c9430ffe7c@gmail.com> 1@dont-email.me> uv8.7377@fx15.iad>
1@dont-email.me> GHI6.2532@fx17.iad>
@TZUTC: -0700
@PID: G2/1.0
@TID: FIDOGATE-5.12-ge4e8b94
On Wednesday, September 27, 2023 at 1:20:50 PM UTC-4, Ron Dean wrote:
> Mark Isaak wrote: 
> > On 9/26/23 5:28 PM, Ron Dean wrote: 
> >> Mark Isaak wrote: 
> >>> On 9/25/23 7:41 PM, Ron Dean wrote: 
> >>>> Mark Isaak wrote: 
> >>>>> On 9/25/23 12:32 PM, Ron Dean wrote: 
> >>>>> [...] 
> >>>>>> I think I have! You might mention a few `beneficial mutations", 
> >>>>>> but the 
> >>>>>> detrimental mutations outnumber them hundreds to one. 
> >>>>> 
> >>>>> Can you back that up?  In E.coli, one in ten functional mutations 
> >>>>> are beneficial[*].  I`m not sure what the ratio is in humans and 
> >>>>> other animals, but my impression is that the ratio harmful / 
> >>>>> neutral / beneficial mutations is around 15:300:1.  I am probably 
> >>>>> way off, but probably not as far off as you. 
> >>>> 
> >>>> 
> >>>> Wikipedia list 6,000 genetic diseases and disorders.  I searched for 
> >>>> a list of beneficial mutations, and found no such list. I know you and 
> >>>> a few others can list a handful of beneficial mutations, but they are 
> >>>> vastly outnumbered by determental mutations and the genetic diseases 
> >>>> and disorders they cause. 
> >>>> 
> >>>> https://en.wikipedia.org/wiki/List of genetic disorders 
> >>>>> 
> >>>>> [*] L. Perfeito et al., 2007. Adaptive mutations in bacteria: High 
> >>>>> rate and small effects. Science 317: 813-815. 
> >>> 
> >>> Have you never heard of selection bias?  Your numbers mean nothing. 
> >>> 
> >> Not my numbers, I provided a reference. 
> > 
> > You provided an irrelevant reference and a number which means nothing in 
> > the context you brought up. 
> >
> Well I thought it did. Wikipedia listed 6000 observed Genetic diseases etc. 
> These are caused by mutated DNA. There are only a few observed beneficial 
> mutations.

I shall try to explain again, although it recasts points already made.
I tried to explain that a great deal of evidence exists about hemoglobin genes.
Similarly, there are multiple databases that refer to that data. 

Brief review: many newborns get their blood tested and this includes having
their blood proteins examined in detail. These tests can detect any differences
in the hemoglobin proteins. That`s been going on for decades. More recently,
much of the testing also includes focused DNA sequencing which includes the
hemoglobin genes. 

By these methods, essentially every possible mutation of the hemoglobin genes
has been detected. That means for every base pair in the genes for hemoglobin,
every possible mutation, every A has been observed as mutated to a T, C, or G.
Every T has been observed as mutated to A, C, or G. etc. 

 So we actually know quite a bit about what mutations do in the
case of hemoglobin.

One of the diseases you cite in your 6000 is sickle-cell anemia. 
But that wiki doesn`t seem to include forms of thalassemia, including various
forms of beta thalassemia. It also excludes a few other diseases that arise
from defects in hemoglobin. But at the same time that list is incomplete
about genetic diseases, most accountings of the effects of mutations on
hemoglobin genes are extremely incomplete. 

Here comes the important point. 

People tend to take notice of mutations that cause disease,
AND THEY IGNORE THOSE THAT DON`T.

Out of all the mutations that produce a change in the protein sequence,
just under 400 cause some change with a clinical symptom, the vast
majority of which are mild. A further approximately 500 have no observed
detrimental effects. (focusing on the beta chain, Hbb). This in the most
complete data base I can find. In most of the databases, you just get
reporting on the changes that cause obvious disease and they ignore
the rest. But some of the 500 benign changes are known to have benefits
to some people, such as improved oxygen uptake for those who live
at high altitude. 

We don`t have a good accounting of mutations that have small 
benefits. We have a huge tendency to notice problems, especially
devastating problems. 

So your "observation" about the effect of mutations has a huge
sampling bias. That`s because medicine has that bias. Small advantages
don`t make the headlines. 

But as a scientist, some of us know, there exist many genes where there
exists variant alleles which have advantages. Our immune systems are
full of them. There are suites of liver genes where a great variety of 
alleles exist that turn out to confer various advantages in metabolizing
food that has been cooked over a fire, as charred meat has some toxic
chemicals that need to be detoxed. (even if they`re tasty). And there are
changes that just provide diversity that is neither particularly good or
bad to us today but may be good or bad in some changed environment.

It seems to me you appreciate almost none of this.

--- G2/1.0
 * Origin: University of Ediacara (2:5075/128)
SEEN-BY: 5001/100 5005/49 5015/255 5019/40 5020/715
848 1042 4441 12000
SEEN-BY: 5030/49 1081 5058/104 5075/128
@PATH: 5075/128 5020/1042 4441